「テキスト サービスと入力言語」で「SKKIME」を既定から外し削除、再起動した後
「C:\Documents and Settings\{$USERNAME}\Application Data\skk\skki1_x」
「C:\WINDOWS\ime\SKKIM1x」
レジストリ「HKCU\Software\TT\Windows\CurrentVersion\SKKIME\1.x」
レジストリ「HKLM\Software\TT\skeime\1.x」
レジストリ「HKLM\SYSTEM\CurrentControlSet\Control\Keyboard Layouts\E0110411」
を削除する。